Бухгалтерский учет реализации по договорам с длительным циклом

Добрый вечер! Столкнулась со следующей проблемой. Организация занимается проектными работами (строительство), договора длятся по 2-3 года, предусмотрена по-этапная сдача работ как правило, раз в квартал. Всегда использывали счет 46 для отражения выручки по этапу работ. При этом организация является малым предприятием, не использует ПБУ 2/2008, ПБУ 18/02. В результате в балансе по Д46 и К62 "Авансы полученные" большие сальдовые остатки, причем остатки по сч.46 висят по строке "Запасе". На одном из бух. семинаров сказали, что мы неправильно учитываем выручку, мы не должны применять счет 46, так как этим нарушаем методологию учета и достоверность данных бухгалтерского баланса, внешние пользователи нашей отчетности бубут введены в заблуждение нашими сальдовыми остатками по сч.46 и сч.62!!! Кто нибудь сталкивался с такой проблемой? И как сейчас лучше поступить???😭